Leesraam
In de moleculaire biologie is een leesraam een manier om de volgorde van nucleotiden in een DNA- of RNA-molecuul op te delen in opeenvolgende , niet-overlappende triplets. Wanneer deze triplets bij transcriptie gevolgd door translatie een aminozuur opleveren, worden ze een codogen respectievelijk een codon genoemd. Er is echter ook een voorbeeld van overlappende leesramen in mitochondriaal DNA van zoogdieren bekend, coderend voor gedeelten van genen voor 2 subeenheden van ATPase.
DNA heeft twee strengen, is dubbelstrengs, terwijl RNA meestal enkelstrengs is. Alleen sommige RNA-virussen hebben dubbelstrengs RNA en dubbelstrengs RNA speelt in planten een rol bij cellulaire immuniteit. Een enkele streng heeft aan het ene eind een fosforyl-eind, het 5′-eind en aan het andere eind een hydroxyl-eind, het 3′-eind. Dit bepaalt de richting van een enkele streng. In de 5'→3' richting zijn er drie mogelijke leesramen, omdat elk leesraam kan beginnen bij een verschillend nucleotide van het triplet. Omdat er twee strengen zijn, zijn er dus zes mogelijke leesramen te onderscheiden.[1][2]
Een voorbeeld van een DNA-gedeelte met de twee strengen:
5' | --- | A | T | G | C | C | G | T | T | A | G | A | C | C | G | T | T | A | G | C | G | G | A | C | C | T | G | A | C | → | 3' | |
3' | ← | T | A | C | G | G | C | A | A | T | C | T | G | G | C | A | A | T | C | G | C | C | T | G | G | A | C | T | G | --- | 5' |
Een voorbeeld van de mogelijke leesramen van een streng:
Een voorbeeld van de zes mogelijke leesramen van de twee strengen:
Het biologische belang van de oriëntaties is groot: de replicatie en de translatie kunnen alleen in de 5'→3'-richting plaatsvinden.
Open leesraam
In het algemeen is een bepaald deel van een nucleïnezuur in een leesraam mogelijk biologisch actief. Dit biologisch actieve gedeelte wordt een open leesraam genoemd.[3]
Overlappende open leesramen
- ↑ Quantitative sequence and open reading frame analysis based on codon bias. Systemics, Cybernetics and Informatics 4 (1): 65–72.
- ↑ (April 1999). CRITICA: Coding Region Identification Tool Invoking Comparative Analysis. Mol Biol Evol 16 (4): 512–24. PMID 10331277. DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026133.
- ↑ Lander, Eric, MITx 7.00x Biology.