Müller speelde in de jeugd bij TSV Wernfeld, Eintracht Frankfurt en SpVgg Greuther Fürth. Op 2 maart 2007 maakte hij zijn profdebuut voor Fürth tegen Augsburg. In januari 2009 werd hij voor zes maanden uitgeleend aan SV Sandhausen. Hij speelde in totaal 69 wedstrijden voor Fürth, waarin hij 13 doelpunten scoorde. In juli 2011 tekende hij een vierjarig contract bij FSV Mainz 05, dat een bedrag van 1,8 miljoen euro op tafel legde voor hem