Gijs van Otterdijk speelde in de jeugd van Wilhelmina Boys en FC Eindhoven. Op 14 februari 2017 maakte hij als 14-jarige zijn officieuze debuut voor het eerste elftal van FC Eindhoven in de met 3-2 gewonnen oefenwedstrijd tegen Jong Vitesse.[2] Zijn officiële debuut maakte hij op 1 maart 2019, in de met 2-0 verloren uitwedstrijd tegen Almere City FC. Hij kwam in de 46e minuut in het veld voor Rodney Klooster.