In 1977 ging Kobayashi naar de Chuo University, waar hij in het schoolteam voetbalde. Nadat hij in 1981 afstudeerde, ging Kobayashi spelen voor Furukawa Electric. Met deze club werd hij in 1985/86 kampioen van Japan. Kobayashi veroverde er in 1982 en 1986 de JSL Cup. In 8 jaar speelde hij er 111 competitiewedstrijden en scoorde 2 goals. Kobayashi beëindigde zijn spelersloopbaan in 1989.