In 1933 sloot SK Vlamertinge zich aan bij de Belgische Voetbalbond en ging er in de regionale reeksen spelen. Men speelde even op het hoogste provinciale niveau, maar daarna speelde de club decennia in de lagere provinciale reeksen.
Na een periode in Tweede Provinciale degradeerde KSK Vlamertinge in 2012 naar Derde Provinciale. Na deze degradatie zou echter een opmars volgen. Na een seizoen kon men in 2013 immers al meteen terug promoveren naar Tweede Provinciale. Daar haalde men nu een plaats in de eindronde, waar men promotie wist af te dwingen. Zo promoveerde Vlamertinge in 2014 nog eens naar Eerste Provinciale. Twee seizoenen later volgde een nieuwe promotie door winst in de eindronde.