Magnar Isaksen won met het Noors voetbalelftal de bronzen medaille op de Olympische Zomerspelen 1936 in Berlijn, Duitsland. Hij nam in de kwartfinale tegen gastland Duitsland (2-0) beide Noorse treffers voor zijn rekening. In de troostfinale was de ploeg onder leiding van bondscoach Asbjørn Halvorsen met 3-2 te sterk voor Polen. Tevens maakte hij deel uit van de Noorse selectie voor het WK voetbal 1938. In totaal speelde Isaksen veertien interlands voor zijn vaderland, en scoorde hij vijf keer in de periode 1936-1938.