Het seizoen 2016 van de Primera División was het 113e seizoen van de hoogste Uruguayaanse voetbalcompetitie. De competitie begon op 28 augustus en eindigde op 11 december 2016. Dit seizoen was een 'overgangsjaar': vanaf 2017 werden de Uruguayaanse voetbalcompetities in één kalenderjaar gespeeld. Deze editie van het landskampioenschap duurde daarom slechts een half seizoen. Hierdoor kreeg dit seizoen ook wel de naam Campeonato Uruguayo Especial of Campeonato Transición.
De competitie werd gespeeld van 28 augustus tot en met 11 december 2016. Alle ploegen speelden eenmaal tegen elkaar. De ploeg met de meeste punten werd kampioen.
Nacional won de titel op de vijftiende en laatste speeldag door Boston River met 1-0 te verslaan.
Vanaf 2017 werd de opzet van de Zuid-Amerikaanse competities (Copa Libertadores en Copa Sudamericana) gewijzigd. Tot 2016 werd de Copa Libertadores in de eerste helft van het jaar gespeeld en de Copa Sudamericana in de tweede helft van het jaar, waardoor het mogelijk was dat een ploeg aan beide competities meedeed. In 2017 werd dit aangepast: beide toernooien vonden vanaf dat jaar gelijktijdig plaats.
Voor de Copa Libertadores 2017 en de Copa Sudamericana 2017 mocht Uruguay elk vier deelnemers inschrijven. Drie ploegen hadden zich al voor de Copa Libertadores geplaatst middels hun competitieresultaat vorig seizoen. De overige deelnemers aan de internationale toernooien werden bepaald op basis van de eindstand van dit overgangsseizoen: de beste ploeg (m.u.v. de reeds gekwalificeerde clubs) plaatste zich voor de Copa Libertadores en de volgende vier in de eindstand plaatsten zich voor de Copa Sudamericana.
Één ploeg degradeerde naar de Segunda División; dit was de ploeg die over de laatste drie seizoenen het minste punten had verzameld in de competitie (75 wedstrijden). Aangezien niet alle ploegen de laatste drie seizoenen in de Primera División hadden gespeeld, werd het aantal punten gedeeld door het aantal gespeelde wedstrijden om de degradant te bepalen.