Blackthorne speelt zich af op de planeet Tuul, die al honderden jaren bestaat zonder dat de mensen de planeet kennen. Al die tijd werd er op Tuul geregeerd door een enkele sjamaan die "was gezegend met alle kennis". Jaren voordat het spel begint vindt Thoros, de laatste heerser, het bijna onmogelijk om te kiezen tussen zijn twee zonen als de volgende heerser. Om het dilemma op te lossen leidt hij hen naar de woestijnen. Daar doodt hij zichzelf waarbij zijn lichaam verandert in twee stenen, licht en donker. Allebei de zonen krijgen één steen, zodat er twee koninkrijken zijn. De mensen van de Lightstone vormen het koninkrijk van Androth, en de mensen van de Darkstone vormen het koninkrijk van Ka'dra'suul.
Maar terwijl Androth de stenen respecteert, verwerpt Ka'dra'suul deze stenen. Een ka'dra (uit Ka'dra'suul) genaamd Sarlac grijpt de macht en vormt een leger tegen Androth.
