Peña begon als voetballer bij CF Damm, waar hij tien jaar speelde. In 2000 kwam hij bij FC Barcelona, waar de verdediger in de cantera (jeugdopleiding) ging spelen. In 2002 kwam Peña in Barça B terecht. Tijdens de voorbereiding voor het seizoen 2004/05 werd hij door Frank Rijkaard bij het eerste elftal gehaald. Peña speelde in de oefenwedstrijden tegen CD Banyoles, UE Figueres, Palamós FC en CF Hércules. Zijn officiële debuut in het eerste elftal van FC Barcelona maakte Peña echter niet. Wel speelde hij in november 2005 mee in het met 6-0 gewonnen duel tegen Gimnàstic de Tarragona in de halve finale van de Copa Catalunya. In juni 2006 tekende Peña voor drie seizoenen bij Albacete. Na het aflopen van dat contract trok hij naar Recreativo Huelva. Sinds 2010 speelt hij bij Real Valladolid.
