Lange tijd speelde de club uit Jihlava in de lagere regionen van het voetbal. In het jaar 2000 werd voor het eerst in de clubgeschiedenis de 2. liga bereikt. Waarna het 5 jaar duurde voordat Vysočina door wist te klimmen naar het hoogste niveau. Na één seizoen degradeerde de club alweer en duurde het tot het seizoen 2010/11 voordat opnieuw promotie werd afgedwongen. Ditmaal lukte het Vysočina voor langere tijd stand te houden, met een 8e plaats in het seizoen 2013/14 als beste resultaat, totdat de club in 2017/18 opnieuw afdaalde naar wat nu de Fortuna národní liga heet.
Jan Staněk
· 
· 
