Sciences de la vie et de la culture : textes choisis et présentés par F. Dagognet. Paris : Hachette, coll. « Textes et documents philosophiques », 1953.
Philosophie biologique. Paris : PUF, 1962.
La raison et les remèdes : essai sur l'imaginaire et le réel dans la thérapeutique contemporaine. Paris : PUF, 1964.
L'immunité, histoire et méthode (conférence donnée le 4 janvier 1964), Paris : Palais de la découverte, 1964.
Gaston Bachelard : sa vie, son œuvre, avec un exposé de sa philosophie. Paris : PUF, 1965.
Méthodes et doctrine dans l'œuvre de Pasteur. Paris : PUF, 1967.
Tableaux et langages de la chimie. Paris : Seuil, 1969.
Le catalogue de la vie : étude méthodologique sur la taxinomie. Paris : PUF, 1970.
Des révolutions vertes : histoire et principes de l'agronomie. Paris : Hermann, 1973. ISBN 2-7056-5747-9.
« Les dieux sont dans la cuisine » : philosophie des objets et objets de la philosophie. Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 1996. ISBN 2-908602-84-9.
Considérations sur l'idée de nature (inclusief La question de l'écologie par Georges Canguilhem). Paris : Vrin, 2000. ISBN 2-7116-1035-7.
Comment se sauver de la servitude ? Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 2000. ISBN 978-2-84324-113-0.
Philosophie d'un retournement. Paris : Encre marine, 2001. ISBN 2-909422-52-6.
100 mots pour commencer à philosopher. Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 2001. ISBN 2-84671-012-0.
Questions interdites. Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 2002. ISBN 2-84671-026-0.
L'échange, premières réflexions. Levallois-Perret : Bréal, 2002. ISBN 2-84291-894-0.
Les grands philosophes et leur philosophie : une histoire mouvementée et belliqueuse. Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 2002. ISBN 2-84671-045-7.
Changement de perspective : le dedans et le dehors. Paris : La table ronde, 2002. ISBN 2-7103-2521-7.
100 mots pour comprendre l'art contemporain. Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 2003. ISBN 2-84671-058-9.
L'homme, maître de la vie ? : penser le vivant. Paris : Bordas, 2003. ISBN 2-04-729812-1.
Philosophie à l'usage des réfractaires : initiation aux concepts. Paris : Les empêcheurs de penser en rond, 2004. ISBN 2-84671-079-1.
Entretiens sur l'enseignement de la philosophie. Paris : Little Big Man, 2004. ISBN 2-915557-00-4.
L'animal selon Condillac : une introduction au Traité des animaux de Condillac. Paris : Vrin, 2004. ISBN 2-7116-1684-3.