Ghaly begon zijn carrière in eigen land bij Al-Ahly voor hij overstapte naar Feyenoord. Bij de Rotterdammers speelde hij 2,5 seizoen, maar kon hij nooit een "vaste" basisplaats afdwingen. Toch wist hij in de wedstrijden dat hij wel speelde regelmatig het applaus vanaf de tribunes in ontvangst te nemen, daar tegenover stonden ook regelmatig fouten die de ergernis deden oplaaien. In januari 2006 maakte Ghaly dankzij trainer Martin Jol de overstap naar Tottenham Hotspur. Na anderhalf jaar bij Tottenham wordt Hossam uitgeleend aan Derby County.
In maart 2010 testte hij, in dienst van de Arabische club Al-Nassr, positief in een dopingonderzoek uitgevoerd door een Maleisisch laboratorium. Een maand later werd hij vrijgesproken na een tegentest door een Keulens laboratorium. In juni 2011 werd het Maleisische laboratorium geschrapt door het World Anti-Doping Agency wegens incompetentie.[bron?]
Daarna keerde hij terug naar Al-Ahly.