KK MZT Skopje kende na zijn stichting in 1966 zijn eerste successen in de jaren zeventig met zes titels in de Macedonian Republic League. De club kende nadien enkele terugvallen maar kende een opleving in de jaren negentig en opnieuw na 2010. De club kent een stevige rivaliteit met stadsgenoot KK Rabotnički Skopje.