Gilks speelde in de jeugd van Rochdale en debuteerde daar ook in het seniorenvoetbal. Hij speelde 176 competitiewedstrijden voor de club, voordat hij in 2007 de overstap maakte naar Norwich City. Bij die club kwam hij geen minuut in actie. Een seizoen later vertrok hij naar Blackpool. Gilks werd er tijdens zijn eerste jaar een maand verhuurd aan Shrewsbury Town. Na zijn terugkeer kreeg hij een vaste basisplaats bij Blackpool, waarmee hij onder meer achttien duels in de Premier League speelde.
Na zes seizoenen Blackpool tekende Gilks in juli 2014 een tweejarig contract bij Burnley, dat twee maanden daarvoor naar de Premier League was gepromoveerd. Bij Burnley was hij reservedoelman achter Tom Heaton. Zonder ook maar een minuut voor Burnley te hebben gespeeld, vertrok Gilks in juli 2016 transfervrij naar de Schotse promovendus Rangers.[1] In een half jaar tijd kwam hij niet in actie, waarna hij verkaste naar Wigan Athletic. Hier zette hij zijn handtekening onder een verbintenis voor de duur van anderhalf jaar.[2] Een halfjaar later vertrok Gilks transfervrij naar Scunthorpe United.[3] In zijn eerste seizoen speelde hij drieënveertig wedstrijden, waar hij in het halve jaar erna niet in actie kwam. Hierop verkaste Gilks in januari 2019 naar Lincoln City.[4] Na een halfjaar stapte hij transfervrij over naar Fleetwood Town.[5] Medio 2020 werd Bolton Wanderers zijn nieuwe club.[6] Gilks zette in januari 2022 op negenendertigjarige leeftijd een punt achter zijn actieve loopbaan.[7]