Hetemaj debuteerde in 2005 in het betaald voetbal in het shirt van HJK Helsinki. In de zomer van 2006 maakte hij Hetemaj voor een transfersom van € 450.000 de overstap naar AEK Athene. Daarmee speelde hij in onder meer de UEFA Champions League. In februari van 2007 liep Hetemaj een zware blessure op bij het Finse B-elftal. Daardoor was hij tijd niet inzetbaar. AEK verhuurde hem in januari van 2008 een half seizoen aan Apollon Kalamarias. In seizoen 2008/2009 keerde Hetemaj terug bij AEK en speelde hij dat seizoen nog vijftien wedstrijden voor de club.
Als onderdeel van de aankoop van Youssouf Hersi vertrok Hetemaj naar FC Twente, waar hij een eenjarig contract tekende met een optie voor twee extra jaren.[1] Voor Twente speelde hij alleen in een KNVB bekerduel tegen SC Joure. Op 1 februari 2010 maakte Hetemaj per direct de overstap van FC Twente naar Brescia. Dat verruilde hij anderhalf seizoen later voor Chievo Verona. Na periodes bij Benevento en Reggina 1914 keerde hij in 2022 terug naar Finland om weer uit te komen voor HJK Helsinki.
.svg){kind=small}
SFR Joegoslavië (nu 
Kosovo)
HJK Helsinki
Turkije – Finland 
90+1'.svg){kind=small}
Noord-Ierland – Finland 
Cyprus – Finland 
HJK Helsinki
·
4 Acampora ·
5 Calò ·
6 Basit ·
7 Elia ·
8 Tello ·
9 Lapadula ·
10 Vokić ·
11 Kragl ·
12 Manfredini ·
14 Vogliacco ·
15 Glik ·
16 Improta ·
18 Foulon ·
19 Insigne ·
20 Di Serio ·
21 Moncini ·
23 Ioniță ·
24 Viviani ·
25 Sau ·
29 Paleari ·
32 Masciangelo ·
58 Pastina ·
93 Barba ·
99 Brignola ·
Coach: Caserta