Duggan speelde in eigen land bij Everton (2007–2013) en Manchester City (2013–2017). In juli 2017 werd ze gecontracteerd door FC Barcelona. Duggan maakte haar competitiedebuut op 3 september 2017 in een uitwedstrijd tegen Zaragoza CFF (0–9). Als invaller maakte ze het negende doelpunt voor Barça. In 2019 werd ze door Atletico Madrid overgenomen.