Boonen begon met atletiek in 1955 en sloot zich in 1957 aan bij een atletiekclub. Hij werd enkele keren Belgisch kampioen in de tweede categorie op de 800 m. In 1971 nam hij deel aan de Europese kampioenschappen in Helsinki. Hij werd uitgeschakeld in de series. Begin 1973 nam hij ook deel aan de Europese indoorkampioenschappen in Rotterdam. Hij overleefde ook deze keer de series niet.