Via de jeugd van VV Zwaluwen, VFC en VDL komt Boshuizen in januari 2016 over naar ADO Den Haag. Annouk Boshuizen maakte haar debuut in het betaalde voetbal voor ADO Den Haag op 25 maart 2017, in de met 0-2 verloren uitwedstrijd tegen FC Twente[1]. Zij startte hierbij in de basis en werd na 75 minuten gewisseld. In 2021 verruilde ze ADO Den Haag voor het in dat jaar opgerichte team van Feyenoord.[2] Annouk is gekozen tot de eerste aanvoerder van de Feyenoord vrouwen.
Op 14 juli 2023 werd bekend dat Boshuizen de overstap maakt naar FC Twente.[3]
Boshuizen maakte haar debuut voor FC Twente in een kwalificatiewedstrijd voor de UEFA Women's Champions League wedstrijd tegen SK Sturm Graz.[4] Haar debuut voor FC Twente in de Vrouwen Eredivisie maakte Boshuizen op 27 januari in een uitwedstrijd tegen haar oude club Feyenoord.[5]