FCS Mariekerke-Branst is het resultaat van een fusie in 2020 van FC Mariekerke met KV Scheldezonen Branst. Het stamnummer 5719 werd overgenomen van FC Mariakerke.
De ploeg speelde zijn eerste seizoenen in 2e Provinciale A, maar werd kampioen in seizoen 2021/22 en promoveerde dus naar 1e Provinciale.