Op 14 september 2020 zat hij voor de eerste keer op de bank bij de Hamburger club tijdens de eerste ronde voor de DFB-Pokal. De uitwedstrijd tegen Dynamo Dresden in het DDV-Stadion werd met 4-1 verloren. Thioune kende een goede start van de competitie. De eerste vijf wedstrijden werden gewonnen. In de zesde speelronde liep hij tegen zijn eerste puntverlies aan tijdens de thuiswedstrijd tegen aartsrivaal FC St. Pauli. Mede door twee doelpunten van Simon Terodde werd met 2-2 gelijkgespeeld. In de daaropvolgende wedstrijden bleef de wisselvalligheid troef maar Thioune ging op de tweede plaats de winterstop in. Men hield gedurende de gehele tweede helft van de competitie zicht op promotie zelfs toen men vanaf de 26e competitieronde vijf wedstrijden op rij niet wist te winnen. Om het tij te keren werd na het 1-1 gelijke spel op de 30ste speeldag tegen Karlsruher SC Thioune ondanks de derde plaats ontslagen en opgevolgd door clublegende Horst Hrubesch.[1]
Op 13 februari maakte hij zijn debuut als trainer bij Fortuna Düsseldorf tijdens de met 2-1 gewonnen thuiswedstrijd tegen Schalke 04. Onder Thioune werd een opmars ingezet met uiteindelijk een 10 plaats waardoor degradatie werd afgewend.