Er is een nieuwe munt met Princess Peach erop in elk level. Deze munt verschijnt als alle Dragon Coins in elk level zijn verzameld.
Er is een statusscherm bijgevoegd, zodat men kan zien welke verborgen levels men al heeft gehad, dit maakt het vinden naar verborgen levels minder moeilijk.
Er is een mogelijkheid om met zowel Mario als Luigi te spelen elke keer wanneer men dat wil.
Als herfst-Easter egg (een easter egg waardoor de wereldkaart en vijanden er anders uitzien) in de GBA-versie ontgrendeld wordt, verschijnt er een cutscene, in tegenstelling tot de SNES-versie.
