De club is opgericht in 1953 als DSO Rudá hvězda Znojmo (Rode ster Znojmo). 1. SC Znojmo werd in het seizoen 2012/13 kampioen van de Fotbalová národní liga (het op een na hoogste niveau in Tsjechië). In het seizoen 2013/14 speelde de club in de Gambrinus liga waarin het als laatste eindigde. In 2019 zakte de club verder naar het derde niveau, de MSFL.