Hegazy debuteerde op 24 november 2009 in het betaald voetbal in het shirt van Ismaily SC. Op 22 december 2011 maakten de Egyptenaren bekend dat ze een akkoord bereikt hadden met ACF Fiorentina, dat anderhalf miljoen euro wilde betalen voor de centrumverdediger.[2] Op 18 november 2012 maakte hij zijn debuut in de Serie A tegen Atalanta Bergamo. Hij viel veertien minuten voor tijd in voor de Argentijn Facundo Roncaglia.[3] Op 28 november 2012 maakte hij zijn eerste doelpunt voor La Viola in het bekerduel tegen Serie B-club Juve Stabia.[1] Op 4 december 2012 onderging hij een kruisbandoperatie, waardoor hij de rest van het seizoen moest missen. In het seizoen 2013/14 kwam hij éénmaal in actie. Op 2 februari 2015 maakte Fiorentina bekend dat Hegazy tijdelijk deel uit zou gaan maken van de selectie van AC Perugia door middel van een huurconstructie.[2] Nadat hij daarvan terugkeerde, liet de Italiaanse club hem transfervrij vertrekken naar Al-Ahly.
Al-Ahly verhuurde Hegazy in juli 2017 voor een jaar aan West Bromwich Albion. Dat nam hem in januari 2018 definitief over.[4]