Bert Koomen speelde in de jeugd van Ter Leede en Feyenoord. Feyenoord verhuurde hem voor de tweede helft van het seizoen 2016/17 aan FC Den Bosch. Hij maakte op 3 maart 2017 zijn debuut voor FC Den Bosch in de Eerste divisie, in een met 1-1 gelijkgespeelde wedstrijd thuis tegen FC Emmen. Hij startte in de basis als rechtsback en speelde de volle 90 minuten. In het begin van het seizoen 2017/18 vertrok hij transfervrij naar FC Lisse, wat in de Tweede divisie uitkomt.