Lykogiannis speelde vanaf 2007 in de jeugdopleiding van Olympiakos. Zijn competitiedebuut in het eerste elftal maakte hij op 29 oktober 2012, toen met 2–2 gelijkgespeeld werd op bezoek bij Aris Saloniki. Manolis Papasterianos en David Aganzo maakten de doelpunten voor de thuisploeg en namens Olympiakos kwamen Djamel Abdoun en José Holebas tot scoren. Lykogiannis mocht van coach Leonardo Jardim in de achtenzestigste minuut invallen voor François Modesto.[1] Drie maanden daarvoor, in augustus 2012, had hij een professionele verbintenis bij de club getekend tot medio 2015.[2] In augustus 2013 werd de vleugelverdediger voor één seizoen verhuurd aan Levadiakos.[3] Het jaar erop verruilde hij Olympiakos op huurbasis voor Ergotelis.[4] Na het aflopen van zijn verbintenis in de zomer van 2015 stapte Lykogiannis transfervrij over naar Sturm Graz, waar hij een contract tekende voor twee seizoenen met een optie op een derde jaar.[5] De Griek had een groot deel van zijn periode bij Sturm Graz een basisplaats en de optie in zijn contract werd dan ook verlengd. In januari 2018, een halfjaar voor het einde van dit contract, verkaste Lykogiannis naar Cagliari, waar hij zijn handtekening zette onder een verbintenis voor de duur van vierenhalf jaar.[6] In het seizoen 2021/22 degradeerde Cagliari naar de Serie B, maar Lykogiannis bleef behouden voor het hoogste niveau. Na het aflopen van zijn contract tekende hij namelijk voor twee seizoenen bij Bologna.[7] Na zijn tweede seizoen daar, waarin hij zich met Bologna wist te kwalificeren voor de UEFA Champions League, werd zijn aflopende verbintenis opengebroken en met een jaar verlengd, plus een optie op een seizoen extra.[8]
.jpg)
Griekenland
Bologna
Sturm Graz
.svg){kind=small}
Egypte – Griekenland 
Estland – Griekenland 
Hongarije – Griekenland 
· 
· 
·
20 Aebischer ·
21 Odgaard ·
22 Lykogiannis ·
23 Bagnolini ·
24 Dallinga ·
26 Lucumí ·
28 Cambiaghi ·
29 De Silvestri ·
30 Domínguez ·
31 Beukema ·
33 Miranda ·
34 Ravaglia ·
80 Fabbian ·
82 Urbański ·
Coach: Italiano