De Copa Mercosur 2001 was de vierde en laatste editie van deze voetbalcompetitie. Het toernooi stond enkel open voor ploegen uit ploegen uit de vijf zuidelijke landen van Zuid-Amerika: Argentinië, Brazilië, Chili, Paraguay en Uruguay. Ploegen uit het noorden van het continent speelden in de tegenhanger van dit toernooi, de Copa Merconorte. Het ArgentiniëCA San Lorenzo de Almagro won het toernooi door CR Flamengo uit Brazilië te verslaan. San Lorenzo was de enige niet-Braziliaanse finalist (alsmede de enige niet-Braziliaanse winnaar) in de vier jaar dat de Copa Mercosur gespeeld werd. Titelverdediger CR Vasco da Gama werd al in de groepsfase uitgeschakeld.
Aan het toernooi deden twintig ploegen mee, waarvan één debutant: CA Talleres uit Córdoba. Zij waren in de Argentijnse competitie als vierde geëindigd in de totaalstand[2] en behoorden daarmee tot een van de drie beste ploegen die niet zeker waren van automatische deelname.[3] Van de zeven ploegen die in 2000 namens Brazilië deelnamen, keerden er dit seizoen zes terug. Clube Atlético Mineiro nam niet deel en hun plek werd ingenomen door Grêmio FBPA (al deelnemer in 1998 en 1999). Voor Chili, Paraguay en Uruguay deden dezelfde ploegen mee als bij de vorige edities.
De twintig deelnemende clubs werden verdeeld in vijf groepen van vier teams. In de groepsfase speelde elk team twee keer (thuis en uit) tegen de drie tegenstanders. De groepswinnaars plaatsten zich voor de knock-outfase, samen met drie beste nummers twee. De kwartfinales en de halve finales bestonden uit een thuis- en een uitduel. Het team dat de meeste doelpunten maakte plaatste zich voor de volgende ronde. Bij een gelijke stand werden er strafschoppen genomen. Ook de finale werd volgens die regels gespeeld. Dit was een wijziging ten opzichte van vorige edities.
De groepsfase vond plaats tussen 21 juli en 18 oktober. De groepswinnaars plaatsten zich voor de kwartfinales, samen met de drie beste nummers twee.[4]
Olimpia was tussen 4 en 31 augustus door de FIFA geschorst. Het uitduel tegen Flamengo (21 augustus) werd hierdoor niet gespeeld en Flamengo werd een reglementaire 2–0 overwinning toegekend.
↑In de Argentijnse competitie werden twee kampioenschappen uitgereikt (de Apertura en de Clausura). Het totaalklassement van beide competities besliste over deelname aan internationale toernooien.
↑CA River Plate (tweede), CA Boca Juniors (derde) en CA Independiente (vijftiende) waren automatisch verzekerd van deelname aan de Copa Mercosur 2001. De andere twee deelnemers waren CA San Lorenzo de Almagro (eerste) en CA Vélez Sarsfield (vijfde), die de vorige drie edities ook al deelnamen aan de Copa Mercosur.