De familie van Ndefe verhuisde toen hij acht was naar België. Op elfjarige leeftijd kwam hij in de jeugdopleiding van Eendracht Aalst waar hij in het seizoen 2010/11 debuteerde.[1] In het seizoen 2013/14 speelde hij op huurbasis voor FC Oss. Sinds medio 2015 staat hij onder contract bij RKC Waalwijk. Met RKC promoveerde hij in 2019 naar de Eredivisie. Ndefe maakte medio 2019 echter de overstap naar MFK Karviná in Tsjechië.