De club werd in 1874 gesticht door studenten van de plaatselijke school Hamilton Academy. In november 1897 werd de club lid van de Football League.
The Accies bereikten twee keer de finale van de Schotse beker en verloor daarin tegen respectievelijk Celtic FC en Rangers FC.
In 1971 was Hamilton de eerste Britse club die spelers rekruteerde van achter het IJzeren Gordijn toen drie Poolse internationals bij de club tekenden. Eind jaren tachtig werden twee seizoenen in de hoogste klasse doorgebracht, waar in totaal meer dan 35 seizoenen werd gespeeld. In 1994 moest de club uit zijn oude stadion Douglas Park vertrekken en werd het gedwongen een veld te delen met de Albion Rovers en Partick Thistle de volgende jaren. Nu speelt de club in het New Douglas Park.
In 2000 zakte Hamilton Academical naar de 4de klasse, maar de club kon intussen opnieuw tot de 2de klasse klimmen. In 2008 keert de ploeg terug op het hoogste niveau na het behalen van het kampioenschap in de Scottish Football League First Division.
De navolgende Europese voetballers kwamen als speler van Hamilton Academical uit voor een vertegenwoordigend A-elftal. Tot op heden[1] is Michael McGovern degene met de meeste interlands achter zijn naam. Hij kwam als speler van Hamilton Academical in totaal 14 keer uit voor het Noord-Ierse nationale elftal.
Allan Maitland
Zie de lijst van spelers van Hamilton Academical FC voor een opsomming van spelers die voor de club spelen of hebben gespeeld..svg){kind=small}
Noord-Ierland
Letland
· 
· 