In januari 2018 werd Whelan zesde in het nationale kampioenschap tijdrijden voor beloften. Twee dagen later was enkel Cyrus Monk beter in de wegwedstrijd. In februari werd hij vijftiende in het eindklassement van de Herald Sun Tour. Later die maand maakte hij de overstap naar Drapac EF p/b Cannondale Holistic Development Team. Eind maart werd Whelan tweede in het Oceanische kampioenschap op de weg, twee seconden achter winnaar Chris Harper. In de Ronde van Vlaanderen voor beloften trok hij op de Wolvenberg ten aanval, waarna hij een solo van twintig kilometer met succes afrondde en als eerste over de finish kwam. De Duitser Max Kanter sprintte even later naar de tweede plaats, voor Whelans landgenoot Robert Stannard.