Jan Hoekstra speelde in de jeugd van Vv Gieterveen en FC Groningen, waar hij van 2017 tot 2019 in de Derde divisie Zaterdag speelde met Jong FC Groningen. Op 9 februari 2019 scoorde hij in de laatste minuut de gelijkmaker (1-1) tegen ASV De Dijk. Hij kopte een vrije trap binnen. In 2019 werd Jong FC Groningen uit de voetbalpiramide gehaald en keerde het team terug in de Beloftencompetitie. Sinds het seizoen 2017/18 maakt Hoekstra als reservekeeper deel uit van de selectie van FC Groningen. Hij debuteerde in het eerste elftal van FC Groningen op 30 oktober 2019, in de met 1-2 gewonnen bekerwedstrijd tegen Harkemase Boys.[4]