Zijn eerste succes boekte Allaert in 1999 met het winnen van de nationale titel op de halve marathon. Hiermee plaatste hij zich voor het wereldkampioenschap halve marathon in het ItaliaansePalermo, waar hij 35e werd in 1:04.00. Een jaar later werd hij Belgisch kampioen op de 5000 m. Op het WK halve marathon in Veracruz werd hij in datzelfde jaar vijftiende in 1:05.41 en eindigde met het Belgische team op een derde plaats bij het landenklassement.
Bij de marathon van Rotterdam in 2001 finishte hij als twaalfde in een persoonlijk record van 2:10.45. Het jaar ervoor had hij in Rotterdam gedebuteerd met een tijd van 2:11.19 en was hiermee de tweede Belg na zijn landgenoot Vincent Rousseau, die in 2:07.19 over de finish kwam.
Koen Allaert was aangesloten bij Looise AV en van beroep is hij paracommando.