De club werd in 1921 opgericht. Zeventig jaar later was de club medeoprichter van de Sloveense hoogste klasse en speelde onder de naam Lek Domžale de competitie telde 21 teams en voor het volgende seizoen werd dat naar 18 teruggebracht waardoor Lek degradeerde. Het volgende seizoen werd de naam Lek in NK veranderd en nog een seizoen later NK Napredak Domžale. In de tweede klasse bengelde de club achteraan de eerste twee seizoenen en ging dan naar de middenmoot. In 1996 werd de naam in BST Domžale veranderd en in 1998 promoveerde de club terug naar de hoogste klasse.
De eerste drie seizoenen vocht de club tegen de degradatie en in 2002 degradeerde de club effectief. Het verblijf in de tweede klasse werd tot één seizoen beperkt, NK Domžale werd kampioen. In 2005 werd de club vijfde, de beste prestatie tot dan toe. Het seizoen 2005/06 was nog beter met het vice-landskampioenschap. In 2011 won Domžale voor het eerst de Sloveense beker. Deze prestatie werd herhaald in 2017, toen Olimpija Ljubljana in de finale met 1-0 werd verslagen. Het enige doelpunt kwam in de 61ste minuut op naam van Gaber Dobrovoljc.