Pekarík doorliep de jeugdopleiding van MŠK Žilina, maar brak daar in eerste instantie niet door tot de hoofdmacht. Daarop maakte hij zijn debuut in het betaald voetbal in het seizoen 2004/05 bij MFK Dubnica. Žilina raakte alsnog overtuigd en haalde hem in de zomer van 2005 terug. Pekarík speelde in de volgende 3,5 jaar meer dan honderd wedstrijden voor de club en werd daarmee in het seizoen 2006/07 Slowaaks landskampioen. In de winterstop van het seizoen 2008/09 kwam Pekarík vervolgens een contract voor 4,5 seizoen overeen met VfL Wolfsburg.[3] Hij speelde gedurende het restant van de Duitse competitie dat jaar nog zestien wedstrijden voor zijn nieuwe ploeg en vierde met Wolfsburg aan het eind van het seizoen het eerste landskampioenschap in de clubhistorie.
Met de nationale ploeg kwalificeerde Pekarík zich voor het WK 2010. Bondscoach Vladimír Weiss liet hem in het hoofdtoernooi debuteren met een basisplaats in de tweede groepswedstrijd tegen Paraguay (0–2 verlies), waarna hij ook in het derde duel tegen Italië (3–2 winst) mocht beginnen en in de achtste finale tegen Nederland (2–1 verlies). Hij behoorde tot de Slowaakse selectie voor het Europees kampioenschap voetbal 2016 in Frankrijk. Slowakije werd in de achtste finale uitgeschakeld door Duitsland (0–3).