Hubočan debuteerde bij MŠK Žilina in 2004. In 2006 werd hij een jaar uitgeleend aan ViOn. In totaal speelde hij 38 wedstrijden voor MŠK Žilina. Op 11 februari 2008 legde Zenit Sint-Petersburg de Slowaakse verdediger vast als vervanger van zijn naar Liverpool vertrokken landgenoot Martin Škrtel. Bij Zenit vormt hij centraal achterin een vast duo met Nicolas Lombaerts of de Portugees Bruno Alves.