Pečovský maakte zijn debuut voor Dukla Banská Bystrica, de club waarbij hij ook de gehele jeugdopleiding doorliep, op 8 april 2009. In het thuisduel tegen FC Petržalka mocht de middenvelder direct in de basis beginnen en de negentig minuten volmaken. Pečovský speelde tot aan de zomer van 2011 in dienst van Dukla Banská Bystrica, maar in dat jaar maakte hij na meer dan tweehonderd wedstrijden voor zijn oude club een transfer naar MŠK Žilina.[1] In april 2020 zette Pečovský een punt achter zijn loopbaan als voetballer.[2]