Júnior Negrão maakte in in 2005 bij de Braziliaanse club Nacional Futebol Clube de overstap van de jeugd naar het eerste elftal. Na een korte uitleenbeurt aan Clube Atlético Mineiro vertrok de jonge aanvaller naar Corinthians. Maar ook daar bleef hij niet lang. Hij kwam nadien nog voor enkele Braziliaanse clubs uit en verhuisde vervolgens naar Portugal. Hij belandde bij CF Belenenses.
Een terugkeer naar zijn thuisland bleef niet lang uit. In de zomer van 2010 werd hij een van de weinige transfers van Germinal Beerschot. Júnior Negrão maakte met enkele belangrijke doelpunten meteen indruk bij zijn nieuwste werkgever. In de terugronde kreeg hij echter af te rekenen met blessureleed en werd zijn contract niet meer verlengd. In de zomer van 2011 verhuisde hij naar het Zwitserse FC Lausanne-Sport. Hierna speelde hij in Brazilië en in Thailand.