KLM heeft sinds 1995 een aandelenbelang van 26% in Kenya Airways en is daarmee de grootste aandeelhouder en de belangrijkste partner. In 2007 verbond Kenya Airways zich als associate member aan het SkyTeam, waarna het in 2010 als volledig lid toetrad. In april 2012 kondigde de maatschappij een aandelenemissie aan ter waarde van 250 miljoen dollar. De opbrengst zal worden gebruik voor de aanschaf van nieuwe vliegtuigen. KLM zal participeren in deze emissie om haar belang op 26% te handhaven; dit vergt een investering van 65 miljoen dollar[1]. De Keniaanse overheid is de andere grote aandeelhouder in de luchtvaartmaatschappij met een belang van 23%.
Op 5 mei2007 verongelukte een Boeing 737-800 van de maatschappij in het zuiden van Kameroen. Het toestel was onderweg van Abidjan naar Nairobi in Kenia en had zojuist een tussenlanding gemaakt in Douala. Aan boord van het toestel bevonden zich 105 passagiers en 9 bemanningsleden. Geen van hen overleefde het ongeluk.
