De fylogenie van basale metasuchiërs heeft de afgelopen jaren veel herzieningen ondergaan. De fylogenie van notosuchiërs is in het bijzonder herzien, met de constructie van Sebecia door Larsson en Sues (2007) om peirosauriden in de clade op te nemen. Voorheen werden peirosauriden buiten Notosuchia geplaatst. Larsson en Sues (2007) suggereerden ook dat Sebecosuchia (met de families Baurusuchidae en Sebecidae) polyfyletisch was, aangezien Baurusuchus buiten Sebecia werd geplaatst, dat zelf buiten Notosuchia werd geplaatst. Echter, meer recente fylogenetische studies hebben Baurusuchus opnieuw in Notosuchia geplaatst, hoewel het nog steeds niet als een Sebecosuchia wordt beschouwd.
In 2012 werd een fylogenetische studie gedaan om supertrees van Crocodyliformes te produceren, waaronder 184 soorten. De meest spaarzame bomen waren zeer goed opgelost, wat betekent dat de fylogenetische verwantschappen die in de analyse werden gevonden, zeer waarschijnlijk waren. Als zodanig is hieronder de consensusboom uit het onderzoek, met de nadruk op de metasuchische tak van de boom.
↑Benton, M.J. and Clark, J.M. 1988. "Archosaur phylogeny and the relationships of the Crocodylia." Pp. 295–338 in: Benton, M.J. (ed.), The phylogeny and classification of the Tetrapods, volume 1. Oxford: Clarendon Press
↑Sereno, P.C.; Larson, H.C.E.; Sidor, C.A.; Gado, B. 2001. "The giant crocodyliform Sarcosuchus from the Cretaceous of Africa". Science. 294(5546): 1516–1519