Vlak na het einde van Quake 2, nadat de Makron is gevallen, is er een laatste offensief van de Strogg (een Cyborg-ras dat de hoofdvijand is in Quake 2) en worden er militairen ingezet. Jij bent Matthew Kane, een Marinier van het zogenoemde 'Rhino-squad' die al eerder een oog heeft verloren bij de Strogg-invasie.
Het spel begint als een normale first person shooter. Maar naderhand word je door de Strogg gevangengenomen, om tot een Marinier van de vijand te worden gevormd. Op het laatste moment, vlak voordat je hersens worden gespoeld, word je gered door je team, zodoende heb je alle voordelen van een Strogg, zonder de nadelen. En het Slotoffensief begint naar de hoofdbasis en nieuwe Makron.
· 
· 