De Zuidelijke brigadegeneraal Joseph Finnegan had nabij St. John’s Bluff, niet ver van Jacksonville, Florida, een artilleriebatterij opgesteld om de St. Johns River te beschermen tegen Noordelijke schepen. Deze batterij maakte deel uit van de Zuidelijke verdedigingsgordel nabij Fort Caroline. De Noordelijken hadden ondertussen Jacksonville bezet. De volgende fase in het consolideren van hun verovering was het uitschakelen van de verschillende batterijen langs de rivier.
Tegen de middag arriveerden de kanonneerboten bij St. John’s Bluff terwijl Brannan zijn troepen liet landen bij Mount Pleasant Creek op ongeveer 8 km van de Zuidelijke batterij. De Noordelijken begonnen hun opmars op 2 oktober. Luitenant kolonel Charles F. Hopkins evacueerde zijn batterij na het invallen van de nacht. Toen de kanonneerboten de Zuidelijke stelling naderden, waren de kanonnen stil.