Musacchio komt uit de jeugdopleiding van River Plate en debuteerde er op 16-jarige leeftijd in het eerste elftal. In augustus 2009 trok hij naar Villarreal CF, waar hij aanvankelijk in het tweede elftal speelde. Musacchio maakte zijn debuut in het eerste elftal van de Submarino amarillo op 13 februari 2010 in de met 2-1 gewonnen thuiswedstrijd van Athletic Bilbao. Tijdens de twee daaropvolgende seizoenen vormde hij in het hart van de verdediging een vast duo met zijn landgenoot Gonzalo Rodríguez, die inmiddels vertrokken is naar het ItaliaanseACF Fiorentina. In 2012 degradeerde Musacchio met Villarreal naar de Segunda Division, waar het één jaar verbleef en voor de club weer promoveerde naar de Primera División.
AC Milan
Primera División
Segunda División
· 
· 
·
4 Bennacer ·
7 Adli ·
8 Loftus-Cheek ·
9 Giroud ·
10 Leão ·
11 Pulisic ·
14 Reijnders ·
15 Jović ·
16 Maignan ·
17 Okafor ·
18 Romero ·
19 Hernández ·
20 Kalulu ·
21 Chukwueze ·
23 Tomori ·
24 Kjær ·
28 Thiaw ·
30 Caldara ·
31 Pellegrino ·
32 Pobega ·
42 Florenzi ·
57 Sportiello ·
69 Nava ·
70 Traorè ·
80 Musah ·
83 Mirante ·
Coach: Pioli
· Assistent-coach: Bonera