In 2003 werd Van der Kooij tijdens een training aangereden door een vrachtwagen. Het seizoen was goed begonnen, met ontsnappingen in grote koersen als Kuurne-Brussel-Kuurne (10e), de Brabantse Pijl en de Ronde van Vlaanderen. Tijdens de revalidatie van het ongeluk wordt er bij hem de Ziekte van Hodgkin vastgesteld. Na zijn comeback wist hij zijn niveau van voorheen niet meer te bereiken en stopte al na een halfjaar weer met professioneel wielrennen. Van der Kooij behaalde geen professionele overwinningen.