Bakker begon met voetballen in de jeugd van W.IJ.C. In 2007 werd hij opgenomen in de jeugdopleiding van PEC Zwolle. Bakker debuteerde daarvoor datzelfde jaar in de hoofdmacht, waarvoor hij speelde tot en met het seizoen 2010-2011.
SC Cambuur
Bakker stapte in juli 2011 over naar SC Cambuur. Daarmee werd hij in het seizoen 2012/2013 kampioen van de Eerste divisie door in de beslissende wedstrijd met 0-2 van SBV Excelsior te winnen. Bakker maakte daarbij het eerste doelpunt. Op 17 augustus 2013 maakte hij ook zijn eerste doelpunt in de Eredivisie tegen FC Groningen. In mei 2016 degradeerde Bakker met SC Cambuur uit de Eredivisie.
PEC Zwolle
Op 24 mei 2017 werd bekend dat hij de overstap maakte terug naar PEC Zwolle, waar hij de opvolger zou worden van de naar FC Twente vertrokken Danny Holla.[1] Na één seizoen stapte hij over naar De Graafschap, door de komst van enkele nieuwe spelers was de kans op speeltijd geslonken. Hij tekende een éénjarig contract bij de promovendus.[2]