Merkis speelde in de jeugdopleiding van Apollon Limasol en in het seizoen 2001/02 maakte hij ook zijn debuut in het eerste elftal. Gedurende vijftien seizoenen was hij actief bij Apollon, waarmee hij eenmaal kampioen werd en tweemaal de beker binnenhaalde. In januari 2016, nadat hij in de eerste helft van het seizoen 2015/16 niet in actie was gekomen, werd de verbintenis van Merkis in onderling overleg ontbonden.[1] Nog op dezelfde dag als zijn vertrek bij Apollon, wist Merkis een nieuwe club te vinden, namelijk regerend landskampioen APOEL Nicosia. Bij APOEL zette hij zijn handtekening onder een verbintenis voor de duur van anderhalf seizoen.[2] Op 2 april 2016 tekende de verdediger voor zijn eerste competitiedoelpunt in het shirt van APOEL, uitgerekend tegen zijn oude club Apollon. Nadat die club al een uur leidde met een voorsprong van 1–2, schoot Merkis in de vijfde minuut van de blessuretijd de gelijkmaker tegen de touwen.[3] In zijn eerste halve jaar werd hij direct kampioen met APOEL, waarvoor het de vierde titel op rij was. Medio 2021 verliet Merkis de club en na een half seizoen zonder club besloot hij op zevenendertigjarige leeftijd een punt te zetten achter zijn actieve loopbaan.
Merkis maakte in 2006 zijn debuut in het Cypriotisch voetbalelftal. Op 1 maart werd in een oefenduel met 2–0 gewonnen van Armenië. De verdediger mocht van bondscoach Angelos Anastasiadis elf minuten voor het einde van het duel invallen voor Stelios Okkaridis. De andere debutant dit duel was Nektarios Alexandrou (APOEL Nicosia).[5] Na deze interland moest Merkis tot 2010 wachten op zijn tweede interland. Hierna was hij vier jaar een vrij vaste kracht in de defensie van het Cypriotische nationale elftal. Op 16 november 2014 speelde hij zijn dertigste interland, toen hij in een kwalificatiewedstrijd voor het EK 2016 tegen Andorra de gehele wedstrijd meespeelde. Na tien minuten spelen opende Merkis de score, waarna Giorgos Efraim zijn land met drie doelpunten naar de overwinning schoot. Door een benutte strafschop van Demetris Christofi werd de eindstand 5–0.[6]
Cyprus
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
