Michael Brouwer speelde in de jeugd van Vitesse/AGOVV en FC Twente, waarna hij in 2012 naar AGOVV Apeldoorn vertrok. Hier was hij reservekeeper achter Nick Hengelman en René Oosterhof, en kwam hij niet in actie. In januari 2013 werd AGOVV failliet verklaard en uit de competitie genomen, waardoor Brouwer transfervrij kon aansluiten bij Heracles Almelo. Hier was hij reservekeeper tot zijn contract in 2015 niet verlengd werd en hij bij SV Spakenburg aansloot. Voor het seizoen begon. keerde hij alweer terug bij Heracles.[3] Dit was omdat tweede keeper Dennis Telgenkamp naar FC Emmen vertrok, en er zodoende weer een reservekeeper nodig was. Na enkele seizoenen als reservekeeper debuteerde Brouwer op 25 september 2018 voor Heracles Almelo, in de met 1-2 gewonnen uitwedstrijd tegen FC Den Bosch in het toernooi om de KNVB beker.