Overleg:Genoom

Sjabloon twijfel geplaatst.

Reden:

• Genoom is meer dan genen
• niet al het niet-coderend DNA behoort tot de introns.
• ...

Josq 5 feb 2007 12:56 (CET)

• Aangepast. Indien niet voldoende zou je het dan zelf verder willen verbeteren?Rasbak 5 feb 2007 16:08 (CET)

Dank je! Zal later mss hier uitgebreid artikel van maken, daar nu niet zoveel tijd voor ;) Josq 6 feb 2007 10:51 (CET)

Huh?

Ik begrijp het niet. Er is slechts één regel uitleg en dan wordt er direct een voorbeeld uitgewerkt. Misschien iets meer algemene uitleg toevoegen, liefst met meer links naar ondersteunende pagina's dan alleen naar 'cel'? Ik ben een leek dus kan het niet zelf aanpassen. – De voorgaande bijdrage werd geplaatst door Zinda (overleg · bijdragen)PS: Wil je voortaan alsjeblieft op overlegpagina's ondertekenen met vier tildes (~~~~)? Er wordt dan automatisch een link naar je gebruikerspagina geplaatst. 11 jun 2012 12:34‎

Is het begrip eenduidig?

De geschiedenis van het artikel zwalkt wat heen en weer vwb of het genoom alle erfelijke informatie is, of één set chromosomen. Ik kwam het steeds in de laatste definitie tegen, maar ik begin met af te vragen of het niet in beide betekenissen wordt gebruikt, misschien in verschillende vakgebieden? Zie http://www.biology-online.org/dictionary/Genome .Moet hier een dp tussen komen? Wimw (overleg) 27 jan 2015 14:18 (CET)

Voor zover ik weet, is het genoom de verzameling van genen van een organisme. De chromosomen zijn de dragers van die genen, maar vormen niet het genoom op zich. Het proteoom is gelijkaardig voor wat betreft eiwitten. --MichielDMN 🐘 (overleg) 27 jan 2015 15:08 (CET)

Er zijn twee definities. Het gaat er niet om welke de juiste is, maar hoe we met die meerduidigheid omgaan in dit artikel.

zoiets:

{ {dpintro}}

1. Genoom (genomica), de complete genetische informatie in een organisme of virus
2. Genoom (klassieke genetica), een enkele volledige set chromosomen met de daarin opgeslagen genetische informatie

{ {dp}} Wimw (overleg) 27 jan 2015 15:37 (CET)

Ik betwijfel toch of een dp de te volgen aanpak is hier. Het begrip is mogelijk dan wel meerduidig, het is ook heel duidelijk dat de betekenissen sterk verwant zijn aan elkaar. Denk even over de gevolgen: elk artikel waarin naar "genoom" wordt verwezen, zal moeten aangepast worden zodat die niet meer naar de dp verwijst. Maar is het in elk artikel dan wel zo duidelijk welk van de twee gekozen moet worden? Misschien wel hoor :-), maar ik vraag het me dus af. --MichielDMN 🐘 (overleg) 27 jan 2015 16:24 (CET)

Dat er twee definities zouden zijn lijkt mij nogal wankel onderbouwd. Kan deze bewering gestaafd worden aan de hand van de wetenschappelijke literatuur?

Overigens heb ik grote moeite om vast te stellen wat het verschil zou zijn tussen de twee definities. Kan iemand mij dat uitleggen? Josq (overleg) 27 jan 2015 16:35 (CET)

@MichielDMN: Enerzijds zijn de begrippen verwant, anderzijds duidelijk verschillend. Dat is precies de reden dat er verwarring heerst, want waren ze alleen maar heel verschillend, dan had allang iemand een simpele dp geplaatst. De reden dat ik hier überhaupt terechtkwam is dat ik op een pagina een link naar genoom in de betekenis#2 tegenkwam en een "foute" verklaring las.

In wat ik bij gebrek aan een betere term de "klassieke genetica" noem krijgt een nakomeling van elke ouder een genoom; een alloploïde heeft vier genomen. Een uitleg volgens betekenis #1 is onzinnig, want je kunt niet vier keer alles hebben. Uit de genomics-hoek lees ik definities die wel expliciet alle genetische informatie omvat.

Over de gevolgen ben ik niet zo pessimistisch. Met kennis van zaken heb je het zo door (als het verwijzende artikel tenmiste goed geschreven is). Ik veracht dat veruit het grootste deel van de links betekenis #1 zoekt - dat vraagt eigenlijk om een script.

Overigens is een dp natuurlijk niet de enige denkbare oplossing. Dan had ik geen overleg hoeven zoeken natuurlijk... Maar er moet wel iets mee. Wimw (overleg) 27 jan 2015 17:36 (CET)

@Josq: De inleidende alinea vanaf zin twee is afkomstig uit Hermsen (1980). De Dictionary of Genetics zegt: ". In eukaryotes, the term applies to a haploid chromosome set of a given species, or to all the DNA (genes and nongenic sequences) in this set" (DoG is als altijd slordig met haploid/monoploid). Botanical Journal of the Linnean Society, 2010, 164, 10–15, over genome size: "the amount of DNA in the nucleus" - dat is wat ik hier zoëven onder handbereik heb. Wimw (overleg) 27 jan 2015 17:36 (CET)

Niet al het erfelijk materiaal zit in het genoom. Ook de mitochondriën bevatten erfelijk materiaal, dat alleen via de vrouwelijke lijn vererft.Rasbak (overleg) 27 jan 2015 21:25 (CET)

Daarom kan er worden gesproken van een mitochondriaal genoom, en zou je kunnen zeggen dat iedere eukaryote cel dus meer dan een genoom bevat.

Dank voor de inzichtelijke uitleg, Wimw. Ik zou op grond hiervan nog niet meteen voor een dp-constructie kiezen, beter kan een stukje geschiedenis beschreven worden van het gebruik van de ter. Josq (overleg) 27 jan 2015 22:16 (CET)

Ik ga er eerst nog wat verder op studeren voor ik weet wat ik er van vind. Hopelijk heb ik daar morgen wat tijd voor. Goenacht, Wimw (overleg) 28 jan 2015 01:08 (CET)

Nou, dat is me duidelijker geworden dan wat ik had gevreesd. Het artikel van Keller is een must read voor wie hierin geïnteresseerd is. Er zijn dus niet twee betekenissen, maar de behoefte om "alle genetische informatie" met een term te omschrijven is in de loop van 100 jaar steeds veranderd, zonder dat er nieuwe termen voor werden geïntroduceerd, en terwijl de oude betekenissen ook gangbaar bleven. Het resultaat is vier verschillende definities (en nog een paar minder belangrijke genegeerd). Eén ervan is behoorlijk uitgewerkt in het artikel, de andere drie mogen er aan toegevoegd worden. Dat ga ik niet doen, want die liggen wat verder van mijn kennisgebied.

Grappig om zo'n proces van betekenisevolutie door de tijd te volgen. Met haploïde had ik pas netzoiets aan de hand, maar dat is met slechts twee verwante betekenissen nooit zo een troep geworden. groeten, Wimw (overleg) 28 jan 2015 22:19 (CET)

Junk-DNA

Dat stuk over Junk-DNA moet echt aangepast worden. Want dit is namelijk momenteel het enige over alles wat non-coding is. Meeste daarvan is namelijk geen junk, maar functioneel. Junk-DNA is echt een verouderde (en controversiële) term en wordt compleet niet meer gebruikt. Als Bioinformaticus hoor ik er echt niemand over en is de consensus dat het meeste functioneel is, ook weten we nog niet van alles de functie. Ik stel voor dat we een non-coding DNA sectie toevoegen met info over non-coding DNA en kort een opsomming van een aantal transcriptie producten, e.g.: lnRNA, miRNA, siRNA, etc.. Ansjovis86 (overleg) 5 nov 2017 02:22 (CET)

Je hebt zeker gelijk dat de term achterhaald is. Ik paste het intussen een beetje aan. Een opsomming lijkt me best nuttig, al denk ik dat je het artikel over die junk-DNA zelf dan ook best eens aanpakt. Het gaat immers niet alleen om introns, maar ook om regulerende sequenties in het DNA. Eiwitlandingsplaatsen, sequenties die structuur geven etc. --MichielDMN 🐘 (overleg) 5 nov 2017 21:26 (CET)

Correctie nodig?

In de huidige versie (5 nov 2017 21:25) zijn punten 3 en 4 van "Geschiedenis van de term" identiek. Ik denk dat de zinsdelen NA de regels 3 en 4 daar hadden moeten staan.– De voorgaande bijdrage werd geplaatst door 2001:1c06:180d:3a00:c4e5:ef10:20ae:eb9 (overleg · bijdragen)

Je zult vandaag, 19 februari 2021, bedoelen? Ja, daar stond iets raar. Volgens mij moet bij het laatste punt "genen" staan, niet DNA. Aldus gewijzigd. MichielDMN 🐘 (overleg) 19 feb 2021 20:30 (CET)