Fonte speelde twee seizoenen voor het tweede elftal van Sporting Clube de Portugal. Na een kort verblijf bij Felgueiras en Vitória Setúbal, vertrok hij in januari 2006 naar SL Benfica. Hij speelde geen enkele wedstrijd voor de club, die Fonte uitleende aan achtereenvolgens Paços de Ferreira, Estrela Amadora en Crystal Palace. Crystal Palace legde de centrumverdediger aan het einde van het seizoen 2007/08 definitief vast.
Fonte speelde in totaal drie seizoenen voor Crystal Palace. Op 9 januari 2010 werd hij voor een transferbedrag van 1,4 miljoen euro verkocht aan Southampton. Zowel in 2011 als 2012 promoveerde de Portugees met The Saints, waardoor hij tijdens het seizoen 2012/13 zijn opwachting maakte in de Premier League. Fonte verzekerde zich dat jaar van behoud met Southampton door middel van een veertiende plaats. Een jaar later volgde een achtste plek op de eindranglijst. Fonte zag na dat seizoen zowel ploeggenoten Dejan Lovren, Adam Lallana, Rickie Lambert, Calum Chambers en Luke Shaw als trainer Mauricio Pochettino vertrekken naar hoger aangeschreven clubs in Engeland. Zelf verlengde hij zijn contract bij Southampton tot 2017. De nieuwe trainer, Ronald Koeman benoemde Fonte eerder die zomer tot de nieuwe aanvoerder van het elftal. Hij verlengde in oktober 2015 zijn contract opnieuw, ditmaal tot medio 2018.[1] Op 5 maart 2016 werd Fonte voor het eerst in zijn carrière in het betaald voetbal met een rode kaart van het veld gestuurd tijdens een competitieduel tegen Sunderland. De wedstrijd eindigde zonder hem in een 1–1 gelijkspel.[2]
Fonte maakte op 18 november 2014 zijn debuut in het Portugees voetbalelftal, in een oefeninterland tegen Argentinië (0–1 overwinning).[3] Bondscoach Fernando Santos nam Fonte op 17 mei 2016 op in de Portugese selectie voor het Europees kampioenschap voetbal 2016 in Frankrijk.[4] Zijn landgenoten en hij wonnen hier voor het eerst in de geschiedenis van Portugal een groot landentoernooi. Een doelpunt van Éder in de verlenging besliste de finale tegen Frankrijk: 1–0. Fonte nam in juni 2017 met Portugal deel aan de FIFA Confederations Cup 2017, waar de derde plaats werd bereikt. Portugal won in de troostfinale van Mexico (2–1 na verlenging). Fonte was basisspeler op het WK 2018. Hij speelde alle vier de wedstrijden die Portugal in het toernooi zat van begin tot eind.
Portugal
Lille OSC
2016
2017
·
7 Bamba ·
8 Xeka ·
9 David ·
10 Sanches ·
11 Ben Arfa ·
16 Jakubech ·
17 Yılmaz ·
19 Lihadji ·
20 Gomes ·
21 André ·
22 Weah ·
23 Zhegrova ·
24 Onana ·
26 Pied ·
29 Bradarić ·
30 Jardim ·
33 Agouzoul ·
35 Simbakoli ·
Coach: Gourvennec