Het geslacht werd in 1942 benoemd door Charles Craig Mook, en de typesoort is Navajosuchus novomexicanus, welke was gebaseerd op AMNH 5186, een gedeeltelijke schedel verzameld in 1913. Later onderzoek toonde aan dat Navajosuchus novomexicanus hetzelfde taxon was als de in 1930 door Simpson benoemde Allognathosuchus mooki, gebaseerd op specimen AMNH 6780, een skelet met schedel, die echter achteraf bezien niet tot het geslacht Allognathosuchus behoort, en dus wordt de combinatio nova van de krokodil Navajosuchus mooki[1]. Welke naam ook wordt gebruikt, dit dier zou een algemeen roofdier zijn geweest van de overstromingsvlakten van Nacimiento. Het was de meest voorkomende krokodil van de Nacimiento-formatie, gevonden in zowel de Puercan en Torrejonian faunale verzamelingen.
De precieze plaatsing van Navajosuchus binnen Alligatoroidea wordt betwist. Sommige studies hebben het aangetoond als een basaal lid van Alligatoridae, binnen de op stam gebaseerde groep Alligatorinae, zoals weergegeven in het onderstaande cladogram.
Als alternatief hebben andere studies Navajosuchus gevonden buiten Alligatoridae en Alligatorinae, als een basaal lid van Alligatoroidea in de clade Globidonta, zoals weergegeven in het onderstaande cladogram.
Wikimedia Commons
