De club werd opgericht op 10 april 1946, vlak na de Tweede Wereldoorlog. Door textielschaarste gebruikte men het tenue van ODO (Oefening Doet Overwinnen), een zaterdagclub die vlak voor de oorlog was ontbonden. De club begon in de zomeravondcompetitie, waar het de tweede plaats behaalde. Het daaropvolgende seizoen begon Jonathan in de Tweede klasse, afdeling Utrecht (vergelijkbaar met de huidige Zesde klasse), waar het ongeslagen kampioen werd, hetgeen promotie naar de Eerste klasse opleverde. De vereniging promoveerde in 1958 naar de nationale Vierde klasse, waar het tot 1981 zou verblijven. Na het kampioenschap in dat jaar klom Jonathan in 1986 verder omhoog van de Derde naar de Tweede klasse. Sindsdien speelt Jonathan afwisselend in de Derde en Tweede klasse. Het kampioenschap in 2010 heeft Jonathan weer terug in de Tweede klasse gebracht. Jonathan degeradeerde in 2011 weer naar de derde klasse door in de nacompetitie te verliezen van Altius.
Door de uitbreiding van Zeist-West in de jaren 70 groeide het aantal leden sterk. In 2010 verwelkomde Jonathan haar duizendste lid. Jonathan speelt zijn wedstrijden op Sportpark Achter 't Slot, genoemd naar de locatie van het complex ten opzichte van Slot Zeist. In 2007 is de accommodatie gemoderniseerd en in 2010 zijn twee kunstgrasvelden aangelegd.
In elke staaf van de grafiek staat van boven naar beneden vermeld:
Eindnotering
Dit is de positie die de club heeft bereikt in de competitie, zonder eventuele beslissings-, play-off- of nacompetitiewedstrijden die nodig zijn geweest om bijvoorbeeld de kampioen van de competitie te bepalen.
Indien een * achter het getal staat is de notering een tussenstand en kan het zijn dat de notering niet overeenkomt met de uiteindelijke eindstand van de competitie.
Staat er een - dan is het seizoen nog bezig en is er geen definitieve uitslag bekend.
Staat er xx op de positie van de notering, dan heeft de club vroegtijdig de competitie verlaten. Dit kan onder andere komen door terugtrekking van het team, faillissement van de club of door een uitgedeelde straf van de KNVB. In veel gevallen staat elders in het artikel de reden vermeld.
Staat er een ? dan is het resultaat uit het verleden onbekend, en is alleen de competitie en/of niveau bekend van dat seizoen.
In de seizoenen 2019/20 en 2020/21 werd wegens de coronacrisis het amateurvoetbal afgebroken. Daardoor kennen deze staven geen eindklassering (middels -- weergegeven).
Competitieniveau en/of afdelingsletter of Officiële eindstand Eredivisie
Competitieniveau en/of afdelingsletter
Hierbij geeft het getal het niveau weer, dat ook terug te vinden is in de legenda. De letter is de afdelingsaanduiding en wordt gebruikt wanneer er meer afdelingen zijn op hetzelfde niveau. De afdelingsletter is altijd een hoofdletter en wordt meestal zonder nummer gebruikt.
Voorbeeld: 2F is niveau 2e klasse competitie F.
Het competitieniveau en nummer wordt niet vermeld wanneer er slechts één competitie van dit niveau was.
Officiële eindstand Eredivisie (getal staat tussen haakjes vermeld)
Sinds de introductie van play-offwedstrijden voor Europees voetbal na afloop van de reguliere competitie in 2005/06, is de KNVB verplicht een eindstand van de Eredivisie door te geven aan de UEFA aan de hand van deze play-offwedstrijden.
Bij deze eindstand staan clubs die zich hebben gekwalificeerd voor Europees voetbal hoger dan clubs die zich niet wisten te kwalificeren. Indien er geen verschil was tussen de eindnotering en de officiële eindstand, staat dit getal niet vermeld.
Onderafdeling
Hier staat afgekort de naam van de onderafdeling indien de club in dat jaar in een onderafdeling uitkwam. Tevens staat deze afkorting in de legenda en wordt gelinkt naar het artikel over deze onderafdeling. Deze afkorting wordt alleen vermeld wanneer de club in het verleden in verschillende onderafdelingen heeft gespeeld. Deze vermelding is in de staaf altijd in kleine letters. Deze onderafdelingen zijn na het seizoen 1995/96 afgeschaft. Heeft de club in slechts één onderafdeling gespeeld, dan is dit alleen terug te vinden in de legenda.
Onder de staaf staat het jaartal vermeld waarin het seizoen is afgesloten. 15 verwijst naar het seizoen 2014/15 en/of eventueel op het seizoen 1914/15.
Wanneer een staaf leeg is, zijn deze gegevens niet bekend. Het kan ook zijn dat de club dat seizoen niet heeft meegespeeld op het hogere amateurniveau, vroegtijdig de competitie heeft verlaten of uit de competitie is gezet.
In het seizoen 1944/45 was er wegens de Tweede Wereldoorlog geen regulier competitievoetbal.
Opmerking: In de 1e klasse en lager spelen de clubs in districten. Deze districten staan niet vermeld in de grafiek.
· 
· 