Capoue maakte op 8 december 2007 zijn debuut in het betaald voetbal toen hij het met Toulouse opnam tegen Lille OSC. Een week later kreeg hij een basisplaats tegen PSG in het Parc des Princes. Op 19 december 2007 maakte hij zijn Europese debuut tijdens een wedstrijd in het toernooi om de UEFA Cup, tegen Spartak Moskou. Op 18 oktober 2008 maakte hij zijn eerste doelpunt voor Toulouse, tegen Girondins Bordeaux. Capoue speelde in zes seizoenen 173 competitiewedstrijden voor Toulouse, allemaal in de Ligue 1.
Op 15 augustus 2013 bevestigde Tottenham Hotspur de komst van Capoue, die een vierjarig contract tekende in Londen. In de volgende twee jaar speelde hij 24 wedstrijden in de Premier League voor de club. Capoue tekende in juli 2015 vervolgens een contract tot medio 2019 bij Watford, dat toen net was gepromoveerd naar de Premier League.[1] Watford maakte niet bekend wat het exact betaalde voor hem, maar wel dat het een clubrecord betrof. Dat betekende dat het om een hoger bedrag ging dan de circa €4.600.000,- die het in 2007 betaalde voor Nathan Ellington.[2] Volgens bronnen ging het om een bedrag van €8.900.000,-[3] In januari 2021 vertrok hij voor €2 miljoen naar het Spaanse Villarreal CF, waarmee hij enkele maanden later de UEFA Europa League won.
Op 15 augustus 2012 maakte Capoue zijn debuut voor Frankrijk in een vriendschappelijk duel tegen Uruguay. Op 11 september 2012 scoorde hij zijn eerste doelpunt voor Les Bleus in een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Wit-Rusland.